Dissertação
Development of Python library to integrate metabolic and regulatory networks EVALUATED
Tradicionalmente, as redes metabólicas e regulatórias foram modeladas separadamente, resultandono desenvolvimento de ferramentas especı́ficas para cada uma. No entanto, a integração destas redes é essencial para uma compreensão abrangente do comportamento celular e para obter previsões biológicas precisas, uma vez que as alterações em uma rede podem ter efeitos na outra. Esta tese apresenta o desenvolvimento de uma ferramenta para a integração, simulação e análise de redes metabólicas e regulatórias. A ferramenta desenvolvida extende as capacidades da ferramenta de modelação metabólica MEWpy, com um foco especı́fico no módulo de modelos integrados. Esta extensão envolve a integração de modelos metabólicos de ferramentas externas consolidadas com modelos regulatórios do MEWpy. O resultado é uma framework que permite aos utilizadores representar modelos integrados e oferece um conjunto abrangente de métodos para simular e analisar modelos metabólicos, regulatórios e integrados. A incorporação de uma ferramenta externa para representar as componentes metabólicas aprimora a adaptabilidade do MEWpy e oferece funcionalidades adicionais ao disponibilizar acesso a funções da ferramenta externa. Foi realizado um estudo de caso, no qual são demonstradas as vantagens e relevância da ferramenta em aplicações práticas. O estudo de caso inclui a integração de um modelo GECKO e um modelo regulatório do organismo E. coli. Numa perspetiva geral, a ferramenta implementada permite a integração de duas redes celulares, melhorando a precisão na simulação do comportamento celular e reúne frameworks independentes sob a mesma arquitetura, permitindo usufruir de funcionalidades de ambas.
novembro 22, 2023, 9:0
Documentos da dissertação ainda não disponíveis publicamente
Orientação
ORIENTADOR
Pedro Tiago Gonçalves Monteiro
Departamento de Engenharia Informática (DEI)
Professor Associado
ORIENTADOR
Departamento de Engenharia Informática (DEI)
Professor Auxiliar